Im 13. Jahrhundert als Archiv des Rates angelegt und nach Umfang und Bedeutung mit keinem anderen anhaltischen Stadtarchiv vergleichbar, wurde es 1920 aus Platzgründen vom Rathaus in das Zerbster Schloss umgelagert und 1938 dem dort seit 1872 existierenden Anhaltischen Staatsarchiv angegliedert. Leiter des Staatsarchivs war Prof. Dr. Hermann Wäschke. 1926 übernahm Reinhold Specht diese Funktion, der bereits seit 1924 das Stadtarchiv betreute.
Während große Teile des Staatsarchivs ausgelagert und vor der Zerstörung gerettet werden konnten (sie befinden sich heute im Landeshauptarchiv Sachsen-Anhalt, Abteilung Dessau), wurde das Stadtarchiv bei der Bombardierung von Zerbst im April 1945 zu 80 Prozent zerstört. Seitdem gilt auch die umfangreiche Sammlung von handschriftlichen Dokumenten von Persönlichkeiten der Reformation als verschollen, die im Keller des Schlosses gelagert waren.

Das 1996 im Kavaliershaus auf der Schloßfreiheit (Rathaus) neu errichtete Stadtarchiv verwaltet über 10 000 Stücke der geretteten historischen Bestände:

Abt. IA - Pergamenturkunden

Abt. IB - Papierurkunden

Abt. II - Briefwechsel und Akten

Abt. III - Handschriftliche Stadtbücher,

Das Historische Archiv der Stadt Zerbst/Anhalt gilt mit seinen Beständen als bedeutendstes anhaltisches Stadtarchiv für mittelalterliche und frühneuzeitliche Quellen

Im Stadtarchiv finden sich außerdem Zeitungen ab 1866, Zeichnungen der Zerbster Bauschule und andere andere Archivalien sowie das Verwaltungsarchiv der Stadt Zerbst/Anhalt ab 1946.

Ab 1. Januar 2009 wurden auch Personenstandsunterlagen zu Archivgut:

• Geburtenregister 1876 - 1900
• Eheregister          1876 - 1930
• Sterberegister     1876 - 1980